Anadolu Selçuklularında devlet toprakları hanedanın ortak mülküydü. Sultan ülke topraklarını oğulları arasında paylaştırıyordu ve şehzadeler yönetimleri altındaki bölgelerde yarı bağımsız hareket ediyorlardı. Bu, Anadolu Selçuklu Devleti’ndeki taht kavgalarının ve şehzadelerin ayaklanmalarının önemli nedenlerinden biriydi. I. Gıyaseddin Keyhüsrev bu geleneğe son verdi ve merkezi yapıyı güçlendirdi. Sultan unvanıyla anılan Anadolu Selçuklu hükümdarları devletin ve ordunun başıydı. Merkezi devlet işleri Divan-ı Âli (Büyük Divan) adı verilen bir kurulda görüşülür ve karar bağlanırdı. Bu kurula vezirler başkanlık ederdi. Vezirden sonraki en yüksek devlet görevi, Niyabet-i saltanatlık makamıydı. Bu makama atanan saltanat naibi, yokluğunda sultana vekâlet ederdi. Öbür yüksek devlet görevlilerinden müstevfi, maliye işlerini yürütürdü. Pervane, divanın yaptığı atamalara ve dirliklerin (iktaların) dağıtım işlerine bakardı. Yazışmaları tuğracı yürütür, hukuk işlerine emir-i dâd bakar ve askerlik işleriyle beylerbeyi ilgilenirdi. Askeri davalara ise Kadı-i leşker bakardı.

Vilayetlerin yönetiminden sorumlu kişiye subaşı denirdi. Bir tür vali sayılan subaşı, kentin düzenini sağlar ve bölgedeki askerlere komutanlık ederlerdi. Ayrıca melik denen şehzadelerin yönettiği vilayetler vardı. Melikler doğrudan sultana bağlıydılar ve vilayet merkezinde Büyük Divan’a benzer bir divan kurarlardı. Anadolu Selçukluları, Bizans sınırlarına bir tür sabit öncü kuvvet olarak Türkmen boylarını yerleştirmişlerdi. Bu boyların beyleri sınır bölgelerinde, uçbeyliği denen yarı bağımsız beylikler kurmuşlardı.

Anadolu Selçukluları'nda devletin malı olan topraklar üçe ayrılırdı. Bunlara dirlik, vakıf ve mülk denirdi. Sultan dirlikleri, kendisi için asker besleyip yetiştirmeleri karşılığında Türkmen beylerine ve komutanlarına verirdi. Mülk denen topraklar üstün hizmetlerde bulunanlara gene sultan tarafından verilirdi. Vakıf araziler ise, han, hamam, medrese gibi kurumların giderlerinin karşılanması için ayrılmış topraklardı.

Selçuklu ordusu asıl olarak, beylerinin komutasında savaşa katılan Türkmenlere dayanıyordu. Dirlik sahiplerinin kendilerine verilen topraklarda besledikleri tımarlı sipahiler ve kapıkulu askerleri, savaş zamanında ordunun önemli bir parçasıydı. Tımarlı sipahiler subaşıların buyruğunda savaşa katılırdı. Kapıkulu askerleri, devlet tarafından çocuk yaşta alınıp eğitilen Türkler ve Hıristiyanlardan oluşuyordu.