Selçuklular, Türk-İslam devletlerinin en büyüklerindendir. Oğuzların Üçoklar kolunun, Kınık boyuna mensupturlar. Onuncu yüzyılın sonu ile onbirinci yüzyılın başlarında İslam'ı kabul ettiler. Selçuklular; Çin'den, Batı Anadolu dahil bütün Ortadoğu ülkeleri, Akdeniz sahilleri, Kuzeybatı Afrika, Hicaz ve Yemen'den Rusya içlerine kadar yayılan hakimiyetin, muazzam bir kültür ve medeniyetin temsilcisidir. Devlete adını veren Selçuk Bey, Aral Gölü ile Hazar Denizi arasına hakim olan Oğuz Yabgu Devleti'nin kumandanlarından Dukak Subaşı'nın oğludur. Dukak ölünce, 17-18 yaşlarındaki Selçuk Bey, subaşı oldu. Genç yaşına rağmen yüksek mevkilere ulaşan Selçuk Bey'in devamlı artan bir itibara sahip olması, Yabgu ve eşini telaşlandırdı. Onu başlarından atmak için çare aramaya başladılar. Öldürülmekten çekinen Selçuk Bey, kabilesiyle birlikte oradan ayrıldı. Güney yoluyla, muhtemelen 985 yılı sıralarında, Seyhun nehri kenarında bulunan Cend şehrine geldiler. Bölge ve şehir, İslam ülkelerine geçişte hudut durumundaydı.
Selçuk Bey'in idaresindeki Türkler, kısa zamanda İslam'ı kabul ettiler. Bu durum, Yabgu ile aralarını iyice açtı. "Müslümanlar, gayrimüslimlere haraç vermez" diyen Selçuk Bey, Yabgu'nun haraç memurlarını kovdu ve bağımsızlığını ilan etti. Gayrimüslim Türklere karşı savaşmaya başladı. Selçuk Bey'in, bağımsızlığını ilan edip, Yabgu'ya haraç vermeyerek, Müslüman olmayanlarla mücadeleye girişmesi, çevrede tanınıp itibar kazanmasına yol açtı. Oğuz Yabgusuna karşı olan Türkler, etrafında toplandı. Müslümanlardan da destek alan Selçuk Bey, Müslüman olmayan Türkler üzerine yaptığı seferlerle şöhret kazandı. Onun bu şöhreti, Maveraünnehir'de üstünlük sağlamaya çalışan Müslüman devletlerden birisi olan Sâmânîlerle anlaşmasını sağladı. Sâmânî sultanı, Selçuk Beye, devlet sınırlarını diğer Türk akınlarına karşı korumasına karşılık, Buhara yakınlarındaki Nûr kasabasına yerleşme izni verdi.
Selçuk Bey; Mikâil, Arslan, İsrafil, Yusuf ve Musa adlarındaki oğullarıyla Büyük Selçuklu Devletinin temelini atıp, Tuğrul ve Çağrı adında iki torun bırakarak, yüz yaşlarında vefat etti. Selçuk Bey'in büyük oğlu, Tuğrul ve Çağrı beylerin babası olan Mikâil, babasının sağlığında ölmüştü. İkinci büyük oğlu olan Arslan Bey, babasının yerine geçti. Yabgu unvanını alarak, Selçuklular da denilmeye başlanan ailesini teşkilatlandırdı. Karahanlılar'ın Sâmânî Devletine son vermesi üzerine, Özkend'den kaçan Sâmânî şehzadelerinden İsmail Muntasır'ın, Arslan Yabgu'ya sığınması, Karahanlılarla aralarının açılmasına sebep oldu. Arslan Yabgu komutasındaki Selçuklular, Karahanlılar karşısında başarılı muharebeler yaptılar.
Selçukluların güçlenmesi, bölgenin hakimi Karahanlılar ile Gazneliler'i zor durumda bıraktı. Karahanlı-Gazneli işbirliğiyle 1025'te Arslan Yabgu, Gaznelilerce yakalanıp, Hindistan'daki Kâlencer Kalesine hapsedildi. Bu hadiseden sonra, Selçuklularla Gazneliler arasında, açık bir mücadele başladı. Onun esareti yıllarında Selçuklular, ortak hükümdar sistemiyle yönetildi. Musa'yı yabguluğa, Yusuf'un oğlu İbrahim'i de yınallığa getirdiler. Mikâil'in oğulları Tuğrul ve Çağrı beyler, amcalarının hakimiyetini tanımakla birlikte, ayrı bölgelerde yaşamaya başladılar.
Mahir süvarilerden oluşan Selçuklular, kalabalık hayvan sürüleri ve atları için, bol otlaklı, geniş yaylalar aradılar. Bu amaçla zaman zaman, komşuları Karahanlılar ve Gaznelilerin sınırlarına taşıp, yerli halkın şikâyetlerine sebep oldular. Onların bu durumunu kendileri için tehlikeli gören Karahanlılar, Selçuklu ailesi içinde karışıklık çıkarmak istedilerse de başaramadılar. Üzerlerine kuvvet gönderildi. Hattâ Yusuf Bey öldürüldü. Musa Yabgu ile birleşen Tuğrul ve Çağrı beyler, Karahanlı kuvvetlerini yenerek, Yusuf Bey'in intikamını aldılar. Siyasî durum iyice gerginleşti. Bölgede değişiklikler oldu. Bir baskınla Selçuklular bir hayli zayiata uğratıldılar. Bunun üzerine Çağrı Bey, dağılan Selçuklulardan üç bin kişilik bir süvari kuvvetiyle, Gazneli mukavemet mevkilerini aşarak, Doğu Anadolu sınırlarına kadar gitti. Van Gölü havzasından, kuzeyde Tiflis'e kadar uzanan bölgede keşif harekâtı yaptı. Ermeni ve Gürcü kuvvetlerini yenerek, bölgenin otlak ve yaylaklarının keşfiyle, gerekli siyasî, etnik, kültürel ve askerî stratejik bilgileri topladı. Bizans şehirlerine girdi. Keşif harekâtı neticesinde, bölgenin, Selçukluların yerleşmesine müsait olduğunu tespit ederek Tuğrul Bey'e bildirdi.
Selçukluların esir yabgusu Arslan, 1032 yılında, Hindistan'da hapsedilmiş bulunduğu Kâlencer Kalesinde ölünce, Gaznelilerle ilişkiler daha da bozuldu. Musa Yabgu ile yeğenleri Çağrı ve Tuğrul beyler kumandasındaki Selçuklu ve Türkmen güçleri, bölgenin en stratejik mevkiinde yer alan ve Gaznelilere ait olan Horasan'a ani bir taarruzla girerek, Merv, Nişabur ve Serahs havalisini ele geçirdiler. Gazne sultanı Mesud, Selçukluları tanımak zorunda kaldı. Musa Yabgu'ya, Tuğrul ve Çağrı beylere bulundukları yerlerin valiliklerini verdi. 1035 yılında yapılan bu antlaşma, dört ay gibi kısa bir süre devam etti. Yeniden başlayan Gazneli-Selçuklu mücadelesi, daha da şiddetlendi. Selçuklular, hafif süvari kuvvetleriyle, Gaznelilerin fillerle takviye edilmiş, ağır teçhizatlı, çoğu piyadeden meydana gelen ordusuna, gerilla savaşlarıyla çok kayıp verdirdiler. 1038 yılında Serahs civarında yapılan savaşta, Gazneli ordusu ağır bir yenilgiye uğradı. Gazneli Sultan Mesud, büyük bir devlet adamı, cesur bir kumandan olmasına rağmen, bu yenilgiden sonra, Nişabur'u Selçuklulara bırakıp, kesin sonuç alınacak büyük savaşı devamlı geciktirdi. Tuğrul Beyin üvey kardeşi İbrahim Yınal, 1038'de Nişabur'u alıp, Tuğrul Bey adına hutbe okuttu. Nişabur'a gelen Tuğrul Beyi muhteşem bir törenle karşıladı. Tuğrul Bey, Sultanü'l-Muazzam (Büyük Sultan), Çağrı Bey de Melikü'l-Mülûk (Hükümdarların Hükümdarı) unvanını aldı. Büyük Selçuklu Devleti'nin kuruluş ve istiklâlini (bağımsızlığını) ilan ettiler. Selçuklu-Gazneli mücadelesi, 23 Mayıs 1040 Dandanakan Meydan Savaşı ve Selçukluların üstünlüğü ele geçirmesiyle neticelendi.
Dandanakan'ın muzaffer başkumandanı Çağrı Bey, zafer sonrasında verilen toy, yani büyük ziyafette, üstün idarecilik vasfı ve keskin siyasî zekâsını takdir ettiği kardeşi Tuğrul Bey'i Selçuklu Sultanı ilan etti. Merv, başkent yapıldı. Toplanan kurultayda, fethedilecek yerlerle, idareciler tespit edildi. Ceyhun ile Gazne arasındaki bölge Çağrı Beye, Bust-Sistan havalisi Musa Yabgu'ya, Nişabur'dan itibaren bütün batı bölgeleri Tuğrul Beye verildi. Çağrı Beyin oğlu Yakutî ile İbrahim Yınal, batı cephesinde görev aldılar. Hanedandan Arslan Yabgu'nun oğlu Kutalmış, Cürcân ve Damgan'a, Çağrı Beyin oğlu Kara Arslan Kavurd ise, Kirman havalisine tayin olundular. Görev taksiminin ardından, kısa zamanda, kuzeyde Harezm dahil, Maveraünnehir, Sistan, Mekran bölgesi, Kirman ve civarı, Hürmüz emirliği, hattâ Arabistan Yarımadasında Umman ve dolayları ile Cürcân, Bâdgis, Huttalân tamamen zaptedildi. Tuğrul Bey, Taberistan, Kazvin, Dihistan, İsfehan, Nihavend, Rey ve Şehrezur'u alarak devletin sınırlarını genişletti. 1046'da Gence, 1048'de Erzen, Karaz, Hasankale, Erzurum ve havalisindeki Gürcü, Ermeni ve Bizans orduları yenilgiye uğratıldı.
Henüz yeni kurulan devlet, kısa zamanda, Büveyhîlerin işgalindeki Bağdat hariç, bölgedeki bütün İslam topraklarına hakim oldu. Sultan Tuğrul, Büveyhîlerin işgalindeki halifelik merkezi olan Bağdat'ı kurtarmak için, Abbasî halifesi El-Kaim bi-Emrillah'ın davetiyle 17 Ocak 1055'te Bağdat'a girdi. Halifenin, âlimlerin ve Sünnî Müslümanların büyük memnuniyetle karşıladığı Tuğrul Bey, Büveyhî Hükümdarlığını yıkarak, Abbasî halifeliğini yeniden ihya etti. İslam dünyasının takdirini kazanıp, büyük iltifatlara kavuştu. Halifeliğe karşı yapılan Fatımî saldırılarını bertaraf etti. Halifelik makamına ve Bağdat şehrine hizmetinden dolayı, 25 Ocak 1058'de Tuğrul Beye iki altın kılıç kuşatan Halife, onu, doğunun ve batının hükümdarı ilan etti. Selçuklu sultanının, halife tarafından "Dünya Hakanı" ilan edilmesi, Türklere büyük itibar kazandırdığı gibi, alplik ruhunu okşayarak, İslamı yayma çabalarına daha fazla sarılmalarına yol açtı. Aynı yıl Tuğrul Bey, tahrikler sebebiyle isyan eden üvey kardeşi İbrahim Yınal'ı cezalandırdı. Çağrı Bey, 70 yaşlarında 1060'ta, Tuğrul Bey ise 1063'te yine 70 yaşında vefat etti. Tuğrul Bey, devletini sağlam temeller üzerine oturtarak, sınırlarını Ceyhun'dan Fırat'a kadar genişletti. Anadolu üzerine yaptırdığı akınlarla, Bizans yönetiminde bulunan bölgenin Türk yurdu olması için ilk harcı koydu.
Tuğrul Beyin oğlu olmadığından, Çağrı Beyin oğlu Muhammed Alparslan, Selçuklu sultanı oldu. Başa geçer geçmez, amcasının veziri Amîdülmülk'ü görevden alarak, yerine Nizamülmülk'ü tayin etti. Sultan Alparslan, tahta geçmek iddiasında bulunan diğer rakiplerini bertaraf ettikten sonra, batıya yönelerek fetihlere başladı. Kafkaslardan dolaşıp mahallî küçük krallıkları itaati altına aldı. Doğu Anadolu'nun kuzeydoğu ucundaki meşhur Ani kalesini 1064'te fethederek, 16 Ağustos 1064'te Kars'a girdi. Ani, Hıristiyan âleminin kutsal yerlerinden biriydi. Bu fetihler İslam dünyasında büyük sevinç kaynağı oldu ve halife Kaim bi-Emrillah, Alparslan'a, "fetihler babası", yani çok fetheden anlamına gelen "Ebü'l-Feth" lakabını verdi. Sultan, 1065 yılı sonlarında doğuya yönelerek, Üst-Yurd ve Mangışlak taraflarına yürüdü. Başarı ile biten seferin sonunda; ticaret yollarını vuran Kıpçak ve Türkmenler itaat altına alındı.
Alparslan, 1067 senesinde Kirman meliki olan kardeşi Kavurd'un isyanıyla karşılaştı. Bu isyanı kısa sürede bastırdı. Öncelikle Müslümanlar arasında birliğin sağlanmasını arzu eden Alparslan, Bahreyn taraflarındaki Karmatî sapıkları ve Önasya'daki Şiî-Fatımî kalıntılarını temizlemek için harekete geçti. Şiî-Fatımî baskısının İslam ülkeleri üzerinden kalkmakta olduğunu gören Mekke şerîfi, Alparslan'a itaatini arz ederek, hutbeyi Abbasî halifesi ve Sultan Alparslan adına okutmaya başladı. Doğuda ve Batıda sistemli bir şekilde yapılan fetih hareketleri; 1067 yılında Anadolu'da başlatılan yıpratma ve yıldırma akınları, 26 Ağustos 1071'deki Malazgirt Savaşı'na kadar devam etti. Malazgirt Zaferiyle Selçuklulara kapıları açılan Anadolu, Türkiye Türklerinin istikbaldeki yurdu durumuna girdi.
Malazgirt Zaferi sonrasında, Bizans imparatoru Diogenes ile yapılan antlaşma, tahttan indirildiği için uygulanamadı. Sultan Alparslan, antlaşmanın silah zoruyla tatbikini kumandan ve beylerine emrederek, bütün Anadolu'nun fethini istedi. Selçuklu emrindeki Türkmen boyları, Orta Asya'dan batıya sevk edilerek, Doğu Anadolu'daki Bizans hududuna gönderildi. Selçukluların gazâ akınlarına karşı koyamayan Bizans kale ve garnizonları, Türklerin eline geçti. Türk akınları, Marmara Denizi sahillerine kadar uzandı ve fethedilen Anadolu, iskân edildi. Anadolu'nun Türkleşip İslamlaşması için gerekli bütün tedbirler alındı. Sultan Alparslan, çıktığı Maveraünnehir seferinde, esir alınan bir kale kumandanı tarafından şehit edildi. Türk tarihinin büyük sultanlarından olan Alparslan, enerjisi, disiplini, yiğitliği ve adaletiyle temayüz etmişti.
Alparslan vefat ettiğinde, devlet toprakları, doğuda Kaşgar'dan, batıda Ege kıyıları ve İstanbul Boğazına, kuzeyde Hazar-Aral arasından, güneyde Yemen'e kadar olan bir bölgeye yayılmıştı.
Alparslan'ın yerine oğlu ve veliahtı Melikşah, Selçuklu sultanı oldu. Sultanlığını tanımayan amcası Kavurd ile, Kerez'de yapılan savaşı kazanan Melikşah, birkaç gün sonra Kavurd'un ölümüyle, devlet içinde asayişi kısa sürede sağladı. İç işlerini halleden Melikşah, taht mücadelesinden faydalanarak Selçuklu hudutlarına saldıran Gazneliler'le Karahanlılar'a karşı sefere çıkıp onları anlaşmaya mecbur etti.
Doğu sınırlarının güvenliğini sağlayan Melikşah, babasının veziri ve kendisinin de hocası olan, sapık ve Batınî akımlara karşı Sünnîliğin müdafaası için Nizamiye Medreselerini kuran Nizamülmülk'ten vezirliğe devam etmesini istedi. Bu sayede Selçuklu Devletine ve İslam dünyasına çok hizmet etmesine vesile oldu.
Sultan Melikşah, çok sakin, affedici, fakat devlet ve millet işlerinde çok ciddî, müstesna bir şahsiyetti. Devrinde bozkırlardaki Türk boylarını, bütün İran'ı, Arabistan'ı, Suriye ve Filistin'i yönetimi altına aldı. Anadolu'nun fethi üzerinde hassasiyetle durup, babasının görevlendirdiği amcaoğlu Kutalmışoğlu Süleyman Şah ve Türkmen beylerinden Alp İlig, Artuk Bey, Mansur, Dolat gibi komutanlarla fetihleri sürdürdü. Selçuklu komutanları, Bizans'ın Türklere karşı kurduğu Ölmezler adlı askerî birlikleri mağlup ettiler. Artuk Bey, Bizans kuvvetlerini, 1074'te Sapanca çevresinde yenerek, yüzbinden fazla Türk'ü, İzmit'ten Üsküdar'a kadar olan sahaya yerleştirdi.
Kutalmışoğlu Süleyman Şah, güneydoğu harekâtıyla, Adana dolaylarını fethetmekle meşguldü. Fırat'ı geçerek Çukurova, Maraş, Tarsus, Antep ve Urfa'ya dağılan Ermeni ve ücretli Frank askerlerini Antakya'da, Gümüştigin de Nizip, Âmid (Diyarbakır) ve Urfa civarında Bizans kuvvetlerini mağlup ettiler.
Artuk Bey, Sultan Melikşah'ın emriyle, Doğu harekâtını idare etti. 1074-1077 yılları arasında Sivas, Tokat, Çorum havalisini, Yeşilırmak ve Kelkit havzalarını ele geçirdi. Artuk Beyden sonra yerine Danişmend Gazi geçerek, Amasya ve civarını Karadeniz'e kadar aldı. Mengücük Gazi, Şarkî Karahisar, Erzincan ve Divriği havalisini; Ebü'l-Kasım da Erzurum ve Çoruh bölgesini fethetti.
Orta, Kuzeybatı ve Batı harekâtını Kutalmışoğlu Süleyman Şah idare edip, Bizanslılarla mücadele ve onların âsi kumandanlarıyla ittifak yaptı. Bizanslılar, Balkanlar'daki iktidar mücadelesi ve iç hadiseler üzerine, Selçuklulardan yardım istediler. Yardım talepleri, Selçukluların çıkarları doğrultusunda karşılandı. Süleyman Şah, İznik'e yerleşerek, bu şehri, Türkiye Selçukluları Devletinin merkezi yaptı. Selçuklular, Anadolu'da sahil şehirleri dışında, Toroslar ve Çukurova'dan Üsküdar'a kadar bütün bölgeye yerleştiler. Bu durum karşısında Avrupalılar, Çin'e elçilik heyeti göndererek, Selçukluların doğudan sıkıştırılmasını istediler. Ancak, sonuç alamadılar.
Diyarbakır bölgesinin fethi için Selçuklu seferleri, Fahrüddevle Cüheyr'in İsfahan'a gelmesiyle başladı. Fahrüddevle, buradaki Şiî itikadlı Karmatîlerin yola sokulması için çalışan Artuk Bey ve bağlı kuvvetlerle birlikte Diyarbakır'a doğru yola çıktı.
Fahrüddevle'nin komutasındaki birlikler, çevredeki Mardin, Hasankeyf, Cizre ve daha otuz kadar kaleyi ele geçirdi. Diyarbakır, Fahrüddevle'nin oğlu Zaimüddevle emrindeki kuvvetlerin 4 Mayıs 1085'te şehre girmesiyle düştü ve Mervanîler Devleti ortadan kalktı.
Musul'un fethine memur edilen Aksungur ve diğer Türkmen emîrleri şehre savaşmadan girdiler. Fethi takiben Musul'a gelen Melikşah, büyük bir törenle karşılandı. Musul emîrliğine Şerefüddevle'yi tayin etti.
Sultan Alparslan zamanından beri Suriye ve daha güneye yürüyen ünlü Selçuklu kumandanlarından Atsız, seferlerini Melikşah zamanında da sürdürdü. Uzun süre kuşattığı Dımaşk (Şam)'ı 1076 Martında Selçuklu topraklarına kattı. Dımaşk'ın alınmasından sonra, camilerde okunan Şiî-Fatımî ezanını yasaklayarak, cuma hutbesini Halife Muktedî ve Sultan Melikşah adına okuttu. Daha sonra Selçuklu Devletinin "Fatımî Devletinin ortadan kaldırılması" politikasına uygun olarak, Mısır'a doğru sefere devam etti. Fakat, başarılı olamadı ve başarısızlığı Suriye emîrliğinden alınmasına sebep oldu. Yerine, Melikşah'ın kardeşi Tacüddevle Tutuş getirildi.
Sultan Melikşah, kardeşi Tutuş ile Kutalmışoğlu Süleyman Şahın mücadelesi üzerine 1086'da İsfahan'dan hareket ederek, Suriye'de asayişi yeniden tesis etti. Halep valiliğini Aksungur'a, Urfa'yı Bozan'a, Antakya'yı da Yağısıyan'a verdi. 1087 yılında Melikşah, Süveydiye kıyılarından Akdeniz'e ulaştı. Böylece Uzakdoğudan Ortadoğu'ya kadar hakimiyet kurdu. Dönüşte hilafet merkezi olan Bağdat'ı ziyaret etti. Halife Muktedi tarafından iki kılıç kuşatıldı ve 25 Nisan 1087'de "Dünya Hükümdarı" ilan edildi.
Saltanat Mücadelesi ve Çöküş Selçukluların Türklüğe, İslam dünyasına ve insanlığa yaptıkları hizmetlerle kısa sürede yükselmeleri, düşmanlarını hızlı bir faaliyet içine soktu. Bizanslılarla ve sapık fırkalarla mücadele eden âlim ve kumandanlar suikastla öldürülüyordu. 1092 senesinde, önce Selçukluların ünlü veziri Nizamülmülk, Hasan Sabbah'ın fedailerinden bir batınî tarafından; arkasından Sultan Melikşah, Bağdat'ta zehirlenerek şehit edildiler.
Melikşah'ın ölümüyle başlayan saltanat mücadelesinde Şam meliki Tutuş, derhal sultanlığını ilan etti. Bu arada Melikşah'ın hanımı Terken Hatun da, küçük oğlu Mahmud'u sultan ve torunu Cafer'i halifenin veliahdı yapmak için bütün gücüyle uğraştı ve 1092'de Mahmud'un saltanatını ilan ederek, namına hutbe okutmaya muvaffak oldu. Yine bu arada taraftarlarıyla Rey'e çekilen Berkyaruk da sultanlığını ilan etti ve Terken Hatun'un üzerine gönderdiği orduyu Burucerd'de bozguna uğrattı. Terken Hatunun, Gence meliki İsmail'i yanına çekmesi de bir yarar sağlamadı.
Terken Hatunun bir suikast neticesinde öldürülmesiyle, saltanat mücadelesi, Tutuş'la Berkyaruk arasında kaldı. Tutuş, Rey üzerine yürüdüyse de, 1093 yılında vuku bulan uzun mücadeleler sırasında birçok emîr, Berkyaruk tarafına geçti. Bu sayede Berkyaruk, karşısında orduyu bozguna uğrattı. Ayrıca Tutuş'un ölümüyle bütün rakiplerini bertaraf ederek, Bağdat'ta adına hutbe okuttu.
Sultan Berkyaruk zamanında Selçuklu Devleti: a) Irak ve Horasan, b) Suriye, c) Kirman, d) Türkiye Selçukluları olmak üzere dörde bölündü. Ayrıca Doğu Anadolu'nun çeşitli yerlerinde Türkmen beylikleri ve Atabeglikler ortaya çıktı. Berkyaruk, parçalanan Selçuklu İmparatorluğunu toplamaya başladığı bir sırada, Haçlı orduları da Suriye'ye geldi. Berkyaruk, Haçlılara ve onların Antakya Kuşatmasına karşı Kürboğa'yı ve Artuklu beylerini sefere gönderdi. Anadolu'dan geçen Haçlılar, Suriye'ye vardıkları zaman sayıları oldukça azalmıştı. Ancak, Şiî-Fatımîlerin, Sünnî Müslümanlara karşı Haçlılarla ittifak yapmaları, ayrıca Suriye emîrleri arasındaki güvensizlik ve rekabetler, Tutuş'un oğlu Dukak ile birlikte Suriye kuvvetlerinin haber vermeden çekilmesi, Frenklerin taarruza geçerek, Türkleri bozguna uğratmalarına sebep oldu. Neticede ilerlemeye devam eden Haçlılar, Antakya'yı işgalden bir yıl sonra Kudüs'ü ele geçirip, şehirde yaşayan yetmiş bin Müslüman ve Yahudiyi, hunharca katlettiler.
Bu arada Gence Meliki ve kardeşi Muhammed Tapar, Berkyaruk'a saltanat iddiasıyla isyan etti. Berkyaruk, 1100 senesinde Sefîdrud'da mağlup olmasına rağmen, Muhammed Tapar'ı arka arkaya dört kez bozguna uğrattı. Ahlat'a sığınan Muhammed Tapar, buranın hükümdarı Sülemen'i ve Ani emîri Menuçehr'i hizmetine alarak yeniden savaşa hazırlandıysa da, Sultan Berkyaruk çok kan aktığını, memleketin harap, emîr ve askerlerin yorgun düştüğünü, hazinenin boş kaldığını, vergilerin tahsil edilemez hale geldiğini ve nihayet İslam düşmanlarına fırsat verildiğini beyan ederek, gönderdiği bir elçiyle kardeşini barışa ikna etti. Böylece 1104'te Azerbaycan'da Sefîdrud hudut olmak üzere, Kafkasya'dan Suriye'ye kadar bütün vilayetlerde, Muhammed Tapar, sultan tanındı. Bağdat, Rey, Cibal, Taberistan, Fars, Huzistan, Azerbaycan, Mekke ve Medine'nin idaresi de Berkyaruk'ta kaldı.
Büyük Selçuklu Devleti, iki devlete ayrılmak suretiyle, Türkiye ile birlikte üç Selçuklu sultanı ortaya çıktı. Ancak bu durum çok uzun sürmedi. Çünkü Berkyaruk, hastalıklı olduğu için 1104 yılında, yirmialtı yaşındayken vefat etti. Sultan Berkyaruk, ülkesini düşünen ve milletinin refahı için çalışan bir kimseydi. Ancak, kardeş kavgalarının, memleketin birlik ve beraberliğe en muhtaç olduğu bir döneme rastlaması Berkyaruk'u çok üzdü. Buna rağmen fırsat buldukça Haçlı kuvvetleri üzerine asker sevk etmekten ve darbeler vurmaktan geri kalmadı.
Berkyaruk'un vefatından sonra Muhammed Tapar, Bağdat üzerine yürüyerek, fazla zorluk çekmeden 1105'te tek başına sultan oldu. Önce amcasının oğlu Mengübars'ın isyanını bastırdı. Daha sonra ülkede uzun zamandır karışıklık çıkaran, anarşiyi tahrik eden Batınîlere karşı mücadele etti. 1107'de, Batınîlerin merkezi olan Alamut Kalesi kuşatıldı ve çok sayıda Batınî öldürüldü. Selçuklular arasındaki karışıklıklardan faydalanan Haçlılar, Birinci Haçlı Seferi sonunda Suriye'de Haçlı devletleri kurmaya başladılar. Sultan Muhammed Tapar, bunların üzerine ordular gönderdiyse de, kumandanlar arasında tam anlaşma sağlanamadığından kesin sonuca gidilemedi. Sefer kumandanı Emîr Mevdud, Şam Ümeyye Camii'nde bir Batınî tarafından öldürüldü. Sultan, Haçlılara karşı Aksungur'u kumandanlığa getirdi. Bu arada kardeşi Sencer'i Suriye ve Horasan'daki Batınîlerle mücadele etmekle görevlendirdi. Alamut üzerine de bir ordu gönderdi. Sultan Muhammed Tapar'ın 1118'de vefatı sebebiyle, bu fesat ocağı ortadan kaldırılamadı. Sultan Muhammed Tapar, İsfehan'da yaptırdığı medresenin bahçesine defnedildi.
İleri gelen devlet adamları, Muhammed Tapar'ın henüz küçük yaştaki oğlu Mahmud'u tahta geçirdilerse de, Melikşah'ın oğlu ve Horasan meliki olan Sencer, yeğeni Mahmud'un sultanlığını kabul etmeyerek, saltanat iddiasında bulundu. 14 Ağustos 1119 tarihinde yapılan Save Savaşını kazanarak sultanlığını ilan eden Sencer, yeğenine evlat muamelesi yaptı ve kendi egemenliğini tanımak şartıyla, Rey hariç, batı ülkelerinin hakimiyetini ona bıraktı.
Sultan Sencer, batı işlerinden çok doğu ile uğraştı. Gazneliler'le savaştı. Karahanlılar'ı kendisine bağladı. Zamanı, Selçukluların son parlak devriydi. Bu arada Büyük Selçuklu Devletini iki büyük tehlike tehdit ediyordu. Bunlardan birisi, batıdan Anadolu ve Suriye'ye saldırmakta olan Haçlılar, diğeri doğudan gelen ve devletin doğu sınırlarını zorlayan Karahitaylardı. Sultan, yalnız bu ikinci tehlikeyle uğraştı. Doğu Karahanlılar Devletini yıkarak Seyhun boylarını zorlayan Karahitaylarla çarpışan Sencer, onlarla 10 Eylül 1141 yılında yaptığı Katvan Meydan Savaşı'nı kaybetti. Bu muharebeden sonra, Seyhun nehrine kadar olan topraklar Karahitayların eline geçti. Katvan Meydan Muharebesiyle, Büyük Selçuklu Devleti tarihinde yeni bir devir başladı ve Selçuklu ülkesi, Müslüman olmayan Türk ve Moğol birliklerinin istilasına uğradı.
Sultan Sencer'in bu yenilgisinden faydalanmak isteyen Gur hükümdarı Alâeddin Hüseyin, yıllık vergiyi vermemek, sultanlık peşinde koşmak gibi davranışlarla, Sencer'e olan tâbiliğinden kurtulmaya çalışıyordu. Zaten, sınırlarını fazla genişletmesi, bölgenin güç dengesini bozmakta ve bu durum Sultan Sencer'i endişeye düşürmekteydi. Büyük kuvvetlere sahip olan Gurlular üzerine yürüyen Sultan Sencer, Haziran 1152'de yaptığı muharebede Gur ordusunu yenerek, Katvan'da kaybedilen itibarı yeniden sağladı.
Gur galibiyetinden erişilen ihtişam fazla uzun sürmedi. Vergi tahsili sırasında yapılan haksızlık yüzünden, kendi soyundan olan Oğuzlarla bazı emîrler arasındaki ihtilaflar gittikçe büyüdü. Sultan Sencer, bir kısım emîrlerin ısrarı ile, göçebe oğuzların üzerine yürümek zorunda kaldı. 1153 yılı Mart ayında Belh civarında, Oğuzlarla yapılan savaşı Selçuklular kaybettiler. Bu ağır yenilginin sonunda Sultan Sencer esir düştü. Oğuzlar, Sencer'e esir de olsa sultan gözüyle baktılar.
Esir Sultanı kurtarmak için ilk harekete geçen, onu savaşa sürükleyen Belh valisi Emîr Kumac'ın torunu Müeyyed Ayaba oldu. Sencer, her ne kadar gündüz tahtta oturtuluyor ve zahirî bir iltifat görüyorsa da geceleri demir bir kafeste uyuyordu. Onun adına çok usulsüz işler yapılıyor ve bazı vaadlerde bulunuluyordu. Bu durum karşısında Sencer, 1156 yılı Nisan ayında kaçmaya muvaffak oldu. Fakat ağır Oğuz darbesi altında çöken, iç huzursuzluk ve istikrarsızlığa maruz kalan Büyük Selçuklu Devleti, kendini toplayamadı. Her ne kadar tâbi beyler, Sencer'e kurtuluşundan dolayı memnuniyetlerini ve bağlılıklarını bildirmişlerse de, Selçuklu kumandanları arasındaki mücadele, Sultana gerekli imkânı sağlamadı. Sencer, 9 Mayıs 1157 senesinde yetmiş üç yaşında vefat etti. Merv'de daha önce yaptırdığı Dârü'l-Apir'de defnedildi. Onun vefatından sonra Büyük Selçuklu Devletinin İran, Irak, Suriye ve Anadolu'daki parçaları, Selçuklu Hanedanına mensup kişilerce idare edilip, ondördüncü yüzyıla kadar devam edenler oldu.