Çevrimdışı

Suşlar arasındaki ayrımı sağlayabilmek için gen ekpresyonunun ürününü karakterize eden(gözlemlenebilir karakterleri) ve genelde genus-tür düzeyinde identifikasyona olanak sağlayan geleneksel fenotipik yöntemler arasında morfolojik, ****olojik, metabolik, biyokimyasal özellikler ve kemotaksonomik markörler (hücresel yağ asitleri, mikolik asit, polar lipitler, quininler, poliaminler, hücre duvarı bileşikleri, ekzopolisakkaritler) ile beraber faj tiplendirmeleri, hücre yüzeyindeki antijenler, antimikrobiyel duyarlılık profilleri ve toplam hücre ya da hücre duvarı proteinlerinin elektroforetik patternleri (1D yada 2D) yer almaktadır. Farklı pH, sıcaklık ve tuz konsantrasyonunda gelişme, gaz üretimi gibi bazı basit ****olojik testler genus identifikasyonunda kullanılmaktadır. Karbonhidrat fermantasyonu gibi biyokimyasal testler fenotipik yöntemler olarak kullanılmakta ve tür bazında ayırım sağlayabilmektedir [8,9]. Kullanışlı olmasına rağmen, türler arası varyasyonlar ve tekrarlanabilirliğinin zayıf olması gibi bazı dezavantajları da bulunmaktadır. Bununla birlikte; standardize edilmiş sonuçlardan oluşturulmuş veri tabanlarından hazırlanmış API CHL50 gibi ticari amaçlı sistemler yüksek sayıdaki suşların tanımlanmasında kullanılmakla beraber yeni özellik kazanmış türlerin
veya alt türlerin tanımlanmasında yetersiz kalmaktadır. Şimdiye kadar identifikasyonda
kullanılan fermentasyon özellikleri ve API Kit prensibine dayalı biyokimyasal testler tür ve genus
bazında ayrım sağlarken; identifikasyonda kullanılan fenotipik yöntemler arasında en güvenilir yöntemin
protein profil analizi olduğu belirtilmiştir. LAB’larda en iyi bilindik türlere ait protein patern veri bankası oluşturularak bu problemin de üstesinden gelinmeye çalışılmaktadır [10]. Sodyum dodesil sülfat
poliakrilamid jel elektroforez sisteminde elde edilen toplam hücre protein profillerinin kıyaslanması, tür ve alt tür bazında identifikasyon için oldukça güvenilir bir yöntem olmakla beraber bazı türler için
limitlidir. Dolayısıyla, protein profiline dayalı tiplendirme tekniğinin yeterli olmadığı ve
doğruluğunu kanıtlamak için moleküler yöntemlere ihtiyaç duyulduğu belirtilmiştir [11]. Bununla
beraber, fenotipik yöntemler ile gen ekspresyonunun ürünü karakterize edildiğinden bu özelliklerin hepsi
sponten mutasyon ve büyüme koşullarındaki farklılanmalar neticesinde değişim göstermeye
meyillidirler. LAB’ların çoğu oldukça benzer besinsel ihtiyaçlara sahip olup benzer çevresel şartlar
altında gelişim gösterebildiklerinden dolayı tür düzeyinde tanımlanmalarında kullanılan bu
geleneksel kriterler oldukça zaman alıcı ve aynı zamanda ayrım gücü ve hassasiyetleri bakımından da
çoğu zaman şüphe uyandırıcıdır. Bununla beraber büyüme koşulları hücre morfolojisini etkileyebilmekte ve bazı durumlarda genus düzeyinde dâhi identifikasyon işlemlerinde zorluk yaratmaktadır. Bu kriterler kaba bir identifikasyon amacı için yeterli olsalar da net ve kesin bir identifikasyon amacına yönelik değillerdir. Bundan dolayıdır ki LAB’ların genus ve tür bazında identifikasyonunda kullanılan fenotipik ve biyokimyasal özelliklere dayalı identifikasyon sistemlerinin kullanımı genellikle yanlış
identifikasyonlara ve hayal kırıklığı yaratan identifikasyon sonuçlarının ortaya çıkmasına sebep
olabilmektedir.




aLinti..

__________________

#MustafaKemaLAtatürkTorunuyum..ღ ❦

{22~02~`22..∞}
{09~09~`22..ღ}