Kenya'daki Yahudilerin tarihi 1900'lere kadar dayanır. 1903'te İngiliz sömürge sekreteri Joseph Chamberlain 6. Siyonist Kongre'de Uganda Programı'nı sunup Yahudilerin Kenya ve Uganda'daki toprakların bir kısmında özerk bir devlet kurma teklifini sundu. Bu fikir uluslararası Yahudi cemaatleri arasında tartışmaya sebep oldu ve 1905'teki 7. Siyonist Kongre'de bu fikir reddedildi. Fikrin reddedilmesine rağmen birkaç aile Kenya'ya göç etti. 1913'te çoğunluğu Nairobi'de olmak üzere Kenya'da 20 Yahudi aile yaşıyordu. Holokost bittiği zaman bazı Yahudiler Kenya'ya göç etti. Yahudi cemaati bir de sinagog inşa etti. 2008 itibariyle (yine çoğu Nairobi'de olmak üzere) Kenya'da 400 Yahudi yaşamaktadır.