Enzimler, protein yapısında, biyolojik kimyasal reaksiyonları katalize eden ve küçük miktarlarda
bulunan ve organizma için önemli maddelerdir. Enzimler reaksiyon sonrasında harcanmaz
ve ortamda kalırlar. Her enzimin bir substratı vardır. Her enzim özgül bir kimyasal reaksiyonu
katalize eder.
Mikroorganizma metabolik aktivitesini sürdürebilmesi için bir değil birden çok enzim sistemine
ihtiyaç duyar. Bu nedenle mikrop metabolizmasında enzimler sistemi yer almaktadır. Bu
enzimlerin bir kısmı hücre içinde (endoenzimler), bir kısmı da hücre dışında (ekzoenzimler)
görev yaparlar. Ekzoenzimler hücre dışında bulunan besinleri hücre içine alınacak hale getirir.
Endoenzimler ise hücrenin yapı taşlarının oluşturulmasında ve hücre için gerekli enerjinin
sağlanmasında görev alırlar.
Enzimler çok etkili maddelerdir. Bir molekül enzim bir dakika içinde bir milyon substrat molekülünü
etkileyebilir. Enzimler genellikle etkiledikleri maddenin sonuna ase (az) konarak
adlandırılırlar. Örnek olarak, hydrolase (hidrolaz = hidroliz yapan), lactase (laktaz = laktozu parçalayan), ürease (üreaz = üreyi parçalayan).
Bakteri enzimleri, yapı ve uyum enzimleri olarak ikiye ayrılırlar.
- Yapı enzimleri: Bakteri hücresinde her zaman, yani sentezlenecek madde olmadan
da vardır. Bu enzimler genelde bakterinin yapı taşlarının sentezinde görev alırlar.
- Uyum enzimleri: Bir uyarı varlığında oluşan enzimlerdir. Uyarı bittiğinde miktarları
çok azalır.
Bir kısım enzimler işlevleri sırasında kendilerini aktive eden protein yapıda olmayan organik
moleküllere gerek duyarlar. Bu moleküllere prostetik grup ya da koenzim adı verilir. Enzimlerin
protein kısmına apoenzim, apoenzim ve koenzimden oluşan komplekse ise holoenzim
denir. Apoenzimler özgül etki göstermelerine karşılık, koenzimler bir çok apoenzime
bağlanarak çeşitli kimyasal reaksiyonlara katılabilirler.
Bazı enzimler ise, aktive olabilmek için koenzimler dışında kofaktör denilen bazı aktivatör
maddelere ihtiyaç duyarlar. Bu enzimler kofaktör olmaksızın etkinlik gösteremezler. Kofaktörler
çoğunlukla metalik iyonlardır. Başlıcaları ise Fe++, Mg++, Ce++, Zn++, Cu++'dur.
Enzimler, aktivite gösterirken bir çok dış etmenden etkilenir. Bunların başlıcaları şunlardır.
- Enzimler etkinlik gösterirken çevre ısısından direkt olarak etkilenirler. Her enzimin en etkin
olduğu bir optimal, az etkin olduğu bir minimal bir de maksimal ısı sınırları vardır.

- Ortamın pH derecesinden de enzimler etkienir. Enzimlerin etkinlik gösterdikleri optimal,
minimal ve maksimal pH değerleri bulunur.
- Enzimlerin etkilediği substrat, ortamda ne kadar yoğun ise, enzim etkinliği o denli
azalma gösterir.
- Ortamda tuz yoğunluğu fazla ise enzimatik etkinlik azalır.
- Ortamda bulunan çeşitli kimyasal maddeler, enzimlerin yapısında bozulmaya neden
olacaklarından etkinliklerinde de azalmaya neden olurlar.
- Ultraviyole, X ışınları gibi fiziksel etmenlerden enzimlerin işlevleri olumsuz etkilenir.

Bir canlı içerisinde meydana gelen kimyasal reaksiyonların tümüne METABOLİZMA denir.
Mikroorganizmaların 2000 kadar farklı kimyasal reaksiyonunun varlığı bilinmektedir. Metabolizma
başka bir deyişle canlılarda meydana gelen anabolizma ve katabolizma olaylarının
tümüdür.
Katabolizma: Alınan besin maddelerinin yıkılıp enerji açığa çıkması olayına denir. Böylecemikroorganizma için gerekli enerji temin edilmiş olur.

Anabolizma: Mikroorganizmayı oluşturmak için gerekli sentez işlemlerinin tümüdür. Sentez
işlemi için gerekli enerji ise, genellikle adenozin trifosfat (adenosine triphosphate = ATP)
tarafından karşılanır.