Descartes'ın kendisinden sonraki felsefeye miras bıraktığı en önemli felsefî sorunlardan biri de ruh ile beden arasındaki bu ilişkinin mahiyeti sorunsalıdır. Descartes'a göre ruh ile beden, mahiyet itibariyle farklı tözler olmalarına karşın, insanda bir birlik halinde bulunurlar ve etkileşim içerisindedir. Ancak bu etkileşimin mahiyeti ve nasıl meydana geldiği konusunda Descartes'in verdiği yanıt hiç de bilimsel değildir. Descartes'ın Ruhun Tutkuları' nda belirttiğine göre ruh ile beden beyinde bulunan kozalak bezi vasıtasıyla ilişkiye geçerler. Ancak bu iddiaya karşın mekanda yer kaplamayan bir varlığın yani ruhun mekanda yer kaplayan bir bez vasıtasıyla maddeyle nasıl etkileşimde bulunduğu meselesi bir sır olarak kalmaya devam etmiştir. Descartes, bu bezin canlılar arasında sadece insanda olduğuna inanıyordu (zira ona göre hayvanlarda ruh yoktur, hayvanlar birer otomattan ibarettir), ama bu görüşünün yanlış olduğu daha sonra anlaşılmıştır. Zira bu bezin insanlar dışındaki canlılarda da bulunduğuna dair bilimsel veriler ortaya çıkmıştır. Ancak o dönemde bilimin gelişmişlik seviyesi gözönüne alındığında, Descartes belki bir dereye kadar mazur görülebilir.