İldeki dağlar Güneydoğu Toroslar’ın başlangıcını oluşturur. Hatay il sınırları içerisinde en büyük dağ Amanos Dağlarıdır. Güneybatısında Samandağ civarında Musa Dağı ile Hatay’ın güney ucunda Suriye sınırına paralel olarak uzanan El-Mansuriye Dağı vardır. Batı kesiminde ise Kızıldağ yükselmektedir. Amanos dağlarının en yüksek yeri, Dörtyol ilçesinin doğusunda kalan 2.240 m yükseltili Mığır Tepe’dir (Bozdağ). Burası aynı zamanda Hatay ilinin de en yüksek noktasıdır. Yine Amanoslar üzerindeki Hassa’daki Kuşçu Tepe 2.076 m’dir. Amanos Dağları üzerindeki diğer yüksek tepeler ise; 1.700 m yükseltili Kızıldağ ve 1.668 m yükseltili İkiztepe' dir. Amanos Dağlarının uzunluğu yaklaşık 175 km’dir. Genişliği ise 15-30 km arasında değişmektedir. Bu dağlar yüksek ve dik olduğundan güç geçit verir. En önemli geçit Elmadağ üzerindeki 660 m yükseltili Belen Geçidi’ dir. Hatay çöküntü alanının güneyini kuşatan Keldağ ise Yayladağı ve Altınözü ilçeleri arasını bütünüyle kaplar. En yüksek noktası Yayladağı ilçesinin kuzeybatısındaki 1729 m yükseltili Akra Dağı’dır. Keldağ’ın Merkez İlçe’ye doğru uzanan bölümü 500 m yükseltili Habib-i Neccar Dağı’nı oluşturur. Keldağ’ın arka kesimi 1235 m. yükseltili Ziyaret Dağı’dır.