Anadolu Kolejini İstanbul'dan Merzifon'a taşınmasının en büyük nedeni gözlerden uzak ve hedef kitleye daha yakın olma amacıydı. Anadolu Koleji'nin en büyük özelliği hem azınlıklara hem de Müslüman-Türk öğrencilere açık olmasıydı. Kuruluşundan iki yıl sonra hazırlık sınıfları dahil okuyan öğrenci sayısı 130'du. Kolejin 10.000 cildi aşkın bir kütüphanesi ve 7.000'den fazla türü içeren bir botanik müzesi vardı. Okulun Müslüman öğretim elemanlarından Zeki Ketani'nin öldürülmesi sonucu okul karışmış, yönetim suçlanmıştır. Olaylar dinmeyince okul kapatılmış ve Selanik'te aynı isimle eğitim vermeye devam etmiştir.

Bu okullara ek olarak 1878'de Mersinde st.Antuan Katolik Koleji 1882'de Maraş'ta Merkesi Kız Koleji, 1888'de Tarsus'da Aziz Pavlus Enstitüsü, 1890'da İstanbul'da İstanbul Kız Koleji ve 1903'de İzmir'de Uluslararası Kolej kurulmuştur.